Die Darmflora umfasst die Gesamtheit der Mikroorganismen, welche den Darm besiedeln. Diese sind größtenteils im Dickdarm angesiedelt, wobei der Magen und magennahe Darmabschnitte praktisch keimfrei sind. Die eigentlich inkorrekte Bezeichnung Darmflora entstand dabei in der früheren Annahme, dass Bakterien zu den Pflanzen gehören und somit im Darm eine eigene Pflanzenwelt (Flora) bilden würden.

In erster Linie besteht die Darmflora aus Bakterien der vier bakteriellen mehr »Abteilungen Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria und Actinobacteria. Diese machen rund 99% der im Darm vorhandenen Mikroorganismen aus. Die wichtigsten Vertreter darunter sind wiederum die zu der Abteilung Protobacteria gehörenden Enterobakterien, insbesondere Escherichia coli (Kolibakterien), sowie Streptokokken aus der Abteilung Firmicutes. Neben Bakterien sind im Darm auch Aracheen und Eukaryoten vorhanden.

Normalerweise haben die im Darm vorhandenen Mikroorganismen keine negative Wirkung, stattdessen besitzen sie sogar verschiedene nützliche Funktionen. So unterstützen sie den Aufschluss bestimmter Nahrungsbestandteile und leisten so einen wichtigen Beitrag bei der Verdauung. Auch an der Abwehr von Krankheitserregern sind die im Darm vorhandenen Kleinstlebewesen beteiligt. Im Darm werden außerdem unverdauliche Kohlenhydrate (Ballaststoffe) mikrobiell abgebaut. Dabei entstehen zum einen kurzkettige Fettsäuren, welche über den Darm aufgenommen und dem weiteren Stoffwechsel zugeführt werden. Zum anderen werden dadurch die Gase Kohlendioxid, Wasserstoff und Methan freigesetzt, welche anschließend ausgeschieden werden (Blähungen, Flatulenz). Die Darmflora beeinflusst außerdem das Körpergewicht und spielt eine Rolle bei der Fettsucht (Adipositas). Der ausgeschiedene Kot besteht zu fast einem Drittel aus Mikroorganismen des Darms.

Im Darm kann es zu einer Unter- oder Überbesiedlung durch die Mikroorganismen kommen, daneben treten auch Änderungen der Zusammensetzung auf. Die Symptome einer solchen Fehlbesiedlung des Darms sind im Allgemeinen Bauchschmerzen, Blähungen, Nahrungsmittelunverträglichkeiten, sowie eine erhöhte Infektanfälligkeit. Ob die Darmflora durch eine Zuführung von Mikroorganismen über die Nahrung beeinflusst werden kann ist wissenschaftlich nicht eindeutig erwiesen. Möglicherweise gibt es eine positive Wirkung durch Probiotika (lebende Mikroorganismen) die in bestimmten Nahrungsmitteln enthalten sind. Gerade auch wegen der vergleichsweise geringen Zahl an Mikroorganismen die so dem Darm zusätzlich zugeführt werden können, ist eine signifikante Wirkung jedoch sehr umstritten. « weniger